U.C.0105，夏亞叛亂的12年後——

面對實施高壓統治的地球聯邦政府，「馬法堤」展開暗殺高官的方式進行抵抗。其領袖的真實身分，正是曾與阿姆羅·雷在一年戰爭中並肩作戰的布萊特之子，哈薩威・諾亞。

哈薩威因神秘少女吉吉·安達魯西亞展現出的奇異力量而喚起了過去的創傷記憶。在她的言語影響下，他一邊動搖，一邊準備馬夫提的行動——襲擊阿德萊德會議。

聯邦軍的肯尼斯·斯雷格在準備自己策劃的阿德萊德會議防衛作戰及殲滅馬夫提的行動時，受到刑事警察機構的漢德利·約克桑提出的秘密協議。

在哈薩威與肯尼斯各自為目標行動的同時，吉吉也為了自己的使命前往香港。

第二次新吉翁戰爭（夏亞叛亂）的12年後。

　U.C.0105——腐敗的地球聯邦政府不僅加速污染地球，更推行了強制平民遷住太空的不人道政策「獵人頭」。

　為此，反地球聯邦政府運動「馬法堤」應運而生，並且展開暗殺聯邦政府高官的激烈手段進行抵抗。其領袖名為「馬法提・納比尤・艾琳」，而他的真實身分，正是曾參與一年戰爭的聯邦軍上校布萊特·諾亞之子——「哈薩威」。

　哈薩威承繼了阿姆羅·雷與夏亞·阿茲納布爾的理念與意志，試圖以戰士身分開闢自己的道路，然而，與聯邦軍上校肯尼斯・史萊格及神祕美少女琪琪・安達露西亞的相遇，卻徹底改變了他的命運。